Η πτήση MSR 804, A320 των Αιγυπτιακών αερογραμμών, που εκτελούσε το δρομολόγιο Παρίσι – Κάιρο εισήλθε στο FIR Αθηνών στις 02:24 πμ τοπική ώρα. Αναγνωρίσθηκε και εξουσιοδοτήθηκε από τον αρμόδιο Ελεγκτή Εναερίου Κυκλοφορίας, για την πορεία της πτήσης του, αναφέρει σε ανακοίνωσή της η Υπηρεσία Πολιτικής Αεροπορίας για το συμβάν.
Στις 02:48 πμ μεταβιβάζεται στον επόμενο τομέα Ελέγχου και εξουσιοδοτείται από τον αρμόδιο ελεγκτή, για το σημείο εξόδου από το FIR Αθηνών. Ο πιλότος ήταν ευδιάθετος και ευχαρίστησε στα Ελληνικά.
Στις 03:27 πμ το Κέντρο Ελέγχου Περιοχής Αθηνών προσπάθησε να επικοινωνήσει με το αεροσκάφος για μεταβίβαση επικοινωνίας και ελέγχου από το FIR Αθηνών στο FIR Καΐρου.
Παρά τις επανειλημμένες κλήσεις το αεροσκάφος δεν ανταποκρίθηκε, οπότε ο ελεγκτής εναερίου κυκλοφορίας κάλεσε στην συχνότητα κινδύνου χωρίς απόκριση από την πλευρά του αεροσκάφους.
Στις 03:29 βρίσκεται πάνω στο σημείο εξόδου.
Στις 03:29:40 πμ χάνεται το στίγμα του αεροσκάφους από το ραντάρ περίπου 7 ΝΜ νότια/νοτιοανατολικά από το σημείο ΚUMBI, εντός του FIR Καΐρου.
Άμεσα ζητήθηκε η συνδρομή των ραντάρ της Πολεμικής Αεροπορίας για πιθανό εντοπισμό στόχου, χωρίς αποτέλεσμα.
Στις 03:45 πμ ενεργοποιήθηκαν οι διαδικασίες έρευνας και διάσωσης μέσω ΕΚΣΕΔ, ΕΚΑΕ και ΚΕΝΑ, με παράλληλη ενημέρωση του Κέντρου Ελέγχου Περιοχής Καΐρου.